يعتبر قسم الكيمياء الصيدلية من الاقسام المحورية في الكلية بحيث يعنى بتدريس شتى التخصصات الكيمياء الصيدلية شاملة الكيمياء العضوية و الكيمياء التحليلية و رقابة الجودة. بما يسلط الضوء على طرق تحضير و تصنيع و ابتكار الدواء و تحسينه معملياً. هذا المجال يركز على تصميم دوائي يستند على استخدام أحدث برامج النموذجة الجزيئية و نقل التكنولوجيا من التصميم النظري الى التطبيق العملي لتركيب الادوية و اختبار المنتجات الصيدلية.